La aparición de una doble pista (o pista duplicada/superpuesta) en Microsoft Flight Simulator 2020 al utilizar Navigraph ocurre porque los datos de navegación actualizados de Navigraph entran en conflicto con la versión del aeropuerto (ya sea stock o de terceros) instalada en tu simulador.
Aquí tienes los pasos para solucionarlo, ordenados del más sencillo al más técnico:
1. Solución rápida: Reordenar con la herramienta de Navigraph (Recomendado)
Navigraph Navdata Center tiene una función integrada para gestionar la prioridad de carga.

Cierra MSFS 2020.
Abre Navigraph Navdata Center.
Asegúrate de que Navigraph Navdata y Navigraph Navdata Base Scenery están instalados y actualizados.
La herramienta suele ordenar automáticamente los escenarios para que tu escenario de terceros (o el de Asobo) tenga prioridad sobre los datos de navegación, evitando que se dibuje una pista extra.
Reinstala los paquetes si es necesario.

2. Solución manual: Modificar el archivo content.xml
Si la herramienta automática no funciona, debes ajustar manualmente el orden de carga para asegurar que tu aeropuerto de terceros se cargue después de los datos de Navigraph.

Localiza tu archivo content.xml (generalmente en %localappdata%\Packages\Microsoft.FlightSimulator_...\LocalCache).
Abre content.xml con un editor de texto (como Notepad++).
Busca la carpeta de tu escenario (terceros o predeterminado) y muévela hacia el final de la lista, asegurándote de que aparezca después de cualquier entrada que contenga navigraph-navdata.
Una regla práctica es que la prioridad del escenario de terceros sea mayor que la de Navigraph.

3. Solución temporal: Borrar el archivo de conflicto
A veces, Navigraph crea un archivo de aeropuerto base que choca con un aeropuerto que ya fue actualizado por Asobo.

Ve a tu carpeta Community.
Entra en navigraph-navdata-base.
Busca y elimina la subcarpeta o archivo .xml que corresponda específicamente al ICAO del aeropuerto conflictivo (ejemplo: APX26280.xml para MPTO).

4. Alternativa: Usar un gestor de escenarios (Addons Linker)
Utiliza MSFS Addons Linker para gestionar tus escenarios. Esto te permite activar/desactivar escenarios fácilmente y asegurar que la estructura de carpetas Community no duplique elementos.
Importante: Siempre cierra el simulador antes de realizar cualquiera de estos cambios y reinícialo para que surtan efecto.

Yo tengo navigraph y reordenando los escenarios se soluciona sin problema. Hay mucha documentación al respecto en internet.

Saludos!